رفلاکس اسید به حالتی گفته می­شود که اسید معده به مری برمی­گردد، رفلاکس پروسه ای طبیعی می­باشد که در نوزادان سالم، کودکان و بزرگسالان رخ می­دهد و غالباً مدت زمان کوتاهی به طول می­انجامد و علائم آزاردهنده یا عوارض جانبی به همراه ندارد. در تقابل با این حالت، افراد مبتلا به بیماری رفلاکس معده به مری (Gastroesophageal Reflux Disease) یا به اختصار GERD علائم آزاردهنده ای مانند سوزش سر دل را تجربه می­کنند.

زمانی که غذا می­خوریم، غذا از طریق مری از دهان به معده منتقل می­شود.  لوله مری در بزرگسالان تقریبا ۲۵ سانتی­متر طول و ۳ سانتی­متر عرض دارد. مری از بافت­ها و ماهیچه­هایی ساخته شده است که از طریق حرکات موجی خود (انقباض و انبساط پی در پی) غذا را به سمت معده سوق می­دهند. در قسمت انتهایی مری، جایی که مری به معده متصل می­شود، ماهیچه­ای حلقوی به نام اسفنگتر( دریچه) تحتانی مری (LES)  قرار دارد . بعد از بلعیدن غذا این دریچه به حالت استراحت درآمده و به غذا اجازه ورود به معده را می­دهد و سپس منقبض شده تا از برگشت غذا و اسید معده به مری جلوگیری کند. در برخی مواقع دریچه تحتانی مری  به دلیل تورم معده ضعیف و یا شل می­شود و این امر منجر به بازگشت مایعات از معده به مری می­شود.  این اتفاق بعضی اوقات برای همه افراد، مدت زمان کوتاهی بعد از صرف غذا رخ می­دهد، اما مختصر بوده و علائم خاصی نشان نمی­دهد. در حالت عادی رفلاکس اسید بسیار به ندرت و فقط در طول خواب رخ می­دهد. رفلاکس اسید زمانی به بیماری رفلاکس اسید معده به مری تبدیل می­شود که منجر به علائم آزاردهنده و یا آسیب به مری شود. بطور کلی، آسیب به مری در حالت­های زیر محتمل­تر است: زمانی که رفلاکس اسیدی مکرراً رخ می­دهد، حالت اسیدی رفلاکس بسیار بالا باشد و مری نتواند اسید را به سرعت تخلیه و یا پاک کند.